Senhor de Odemira, Mortágua, Penacova, alcaide-mor de Estremoz. 

Era filho do 4.º conde de Odemira, D. Sancho de Noronha, e de sua mulher, a condessa D. Margarida de Vilhena. Acompanhou D. Sebastião à infausta expedição de África e morreu na batalha de Alcácer Quibir, em 4 de Agosto de 1578. 

Casou três vezes: a primeira com D. Joana de Vilhena, filha de Manuel Teles de Meneses, senhor de Unhão, Cepães, Gestaçô, Meinedo, etc., comendador de Ourique na ordem de S. Tiago, e de D. Margarida de Vilhena, filha do D. Fernando de Castro, capitão de Évora e alcaide-mor de Setúbal: Casou a segunda vez com D. Joana de Gusmão, filha de D. Pedro de Meneses, governador de Ceuta, e de D. Constança de Gusmão, dama e depois camareira-mor da infanta D. Maria, filha de Francisco de Gusmão, mordomo-mor, da mesma infanta. De nenhum destes matrimónios houve descendência. O terceiro casamento foi com D. Violante de Castro, que sobreviveu muitos anos a seu marido, e fal. a 18 de Junho de 1616. Em atenção à sua 3.ª mulher, o rei D. Sebastião confirmou em D. Afonso de Noronha o titulo de 5.º conde de Odemira. Deste consórcio houve um filho, D. Sancho de Noronha, que foi o 6.º conde do mencionado titulo.