Vestiu o hábito de monge beneditino, tomando o nome de frei José de Jesus Maria Torres. Matriculou-se depois na universidade, doutorando-se em 24 de julho de 1831, ficando como opositor da faculdade. Regeu no Colégio das Artes a cadeira de filosofia, passando depois à regência da mesma cadeira no Liceu Nacional de Coimbra, até que a 27 de janeiro de 1843 foi nomeado arcebispo de Goa e primaz do Oriente. Partiu para a sua diocese, e desembarcou em Pangim a 2 de março de 1844, tomando posse do seu elevado cargo cinco dias depois. Era um padre liberal, e dera provas disso em 1841 publicando um discurso que tencionava recitar perante a assembleia conimbricense a 8 de maio desse ano, aniversário da entrada do exército libertador em Coimbra. Na índia começou a manifestar o seu espírito liberal e patriótico, e teve por isso graves dissensões com a Santa Sé Apostólica, que motivaram o ver-se obrigado a resignar ás suas funções em 1849, sendo escolhido para coadjutor e futuro sucessor do arcebispo de Braga, com o título de bispo de Palmira. Regressou então ao reino, onde foi nomeado par do Reino, agraciado com a grã-cruz da Ordem de S. Tiago da Espada, recebeu o lugar de comissário geral da Bula da Cruzada, o de provedor da Misericórdia etc.