Repartição criada em 1793 pelo ministro da Marinha, Martinho de Melo e Castro, para melhor recepção, arrecadação e distribuição de todos os géneros que tivessem a despender-se na construção e entretenimento dos navios e esquadras reais. Com esta criação ficou extinta a antiga Provedoria real dos Armazéns, espécie de repartição central, em que se acumulavam até então todas as funções administrativas e de contabilidade da armada, e o mal organizado Almoxarifado dos mantimentos que tinha a seu cargo especial o fornecimento dos comestíveis.

O Almoxarifado de Marinha tinha a seu cargo toda a parte material; a contadoria dos armazéns, repartição com ele instituída e que lhe ficou dalguma forma anexada, liquidava e fiscalizava as despesas, e a Intendência geral, nascida pela mesma ocasião, era o corpo superior, que, sob as ordens regias, administrava e geria tudo que dizia respeito à organização, arranjo, sustentação e manutenção da marinha real. A reforma de 1793 destruiu tudo quanto estava estabelecido no antigo sistema. A organização de Martinho de Mello, com a intendência, o almoxarifado, a contadoria na parte material ou da fazenda, e o almirantado em quanto ao pessoal, elevou a marinha de guerra portuguesa, no fim do século XVIII, a um estado de grandeza, que no tinha nunca atingido. De 1793 a 1834, a marinha de guerra manteve-se bem organizada, brilhantemente dirigida por tribunais e conselhos superiores, nos quais se dividia o governo da armada, sob a inspecção-geral do ministro que representava o poder supremo; hoje temos a concentração do todos esses poderes, de todos esses tribunais e conselhos nas repartições duma secretaria de estado.

V. Almirantado (Conselho do).