Nasceu na freguesia de Arneiros, do bispado de Lamego, em dezembro de 1754, faleceu em Vila Nova do Souto d'EI-Rei a 16 de maio de 1833. Era filho de José de Magalhães Avelar Barbedo, e de D. Maria Leonarda Pinto. 

Matriculando se na Universidade de Coimbra na faculdade de cânones, alcançou o grau de doutor. Passando depois a lente catedrático. Foi nomeado cónego doutoral da Sé de Lamego, deputado extraordinário da inquisição de Coimbra, e por último eleito bispo do Porto, sendo sagrado a 29 de junho de 1816. Logo que o exército libertador entrou no Porto, o bispo retirou-se para a sua casa de Vila Nova do Souto d'El-Rei, onde faleceu, e foi sepultado na Sé de Lamego. 

Era tido como homem muito erudito, versado sobretudo em história e antiguidades, e dotado duma memória prodigiosa. Consta que começara em diversos tempos várias obras e memórias, sobre diversos assuntos, das quais umas concluídas e outras imperfeitas existiam na sua riquíssima livraria, composta de mais de 32.000 volumes, que juntara durante mais de trinta anos. Esta livraria foi sequestrada em 1832 pelo governo constitucional, serviu de núcleo para a Biblioteca Pública do Porto, e foi depois comprada para o Estado aos herdeiros do bispo por 24.000$000 réis, como se vê dum folheto publicado por um dos herdeiros, o conselheiro Fernando de Magalhães e Avelar, com o seguinte título: Memória acerca da livraria dos herdeiros do bispo do Porto D. João de Magalhães e Avelar, vendida ao estado por escritura pública lavrada nas notas do tabelião Tomás Isidoro da Silva Freire em 7 de março de 1811, por efeito da lei de 30 de junho de 1813, Lisboa, 1846. O bispo possuía também um precioso monetário, que os herdeiros venderam em Inglaterra. 

São conhecidas as seguintes publicações do bispo D. João de Magalhães e Avelar: Pastoral aos párocos da sua diocese, recomendando-lhes que instruam os paroquianos nos dogmas da igreja católica, e na moral evangélica, e lhes persuadam as vantagens da nova situação política inaugurada em 24 de agosto de 1820, Porto, 1821; Pastoral ao clero e povo da mesma diocese, congratulando-se pela queda do governo constitucional, e combatendo as doutrinas propugnadas pelos adeptos do liberalismo, Porto, 1823.