Capitão de mar a guerra.

Voltando ao reino por opinião da junta de saúde, veio estabelecer-se em Lisboa, escrevendo por essa ocasião no Comércio de Portugal uns artigos, assinados com as iniciais C. M., acerca da política geral do nosso país. Em 20 agosto de 1879 foi promovido a 1.º tenente, e depois de haver desempenhado várias comissões de serviço, foi em agosto de 1852 nomeado comandante da canhoneira Bengo, que fazia parte da divisão naval da África ocidental. Entrando na costa de Angola aportou à Ponta Negra, onde estava fundeada a canhoneira francesa Saggittaire, e sendo informado de que o comandante desse navio tinha mandado fazer a ocupação de Loango em nome da França, protestou perante aquele oficial, reivindicando para a coroa portuguesa a preferência no direito de ocupação, e seguiu logo para Luanda a dar paste ao governador-geral daquele acontecimento. Resultou dali ocuparem os portugueses os territórios de Landana e Massabi, depois do que, o comandante da Bengo foi incumbido de fazer o levantamento hidrográfico de Landana a Chinchoxo. No Zaire fez a polícia do rio, intervindo em algumas pendências dos indígenas com os europeus, bombardeou e queimou o povo do rei de Chomobica, potentado daquelas terras, que tinha cometido impunemente toda a casta de violências contra os negociantes, e pelo seu procedimento enérgico e digno em todas essas questões e especialmente no Zaire, mereceu várias portarias de louvor do governador-geral de Angola, então o sr. conselheiro Ferreira do Amaral, sendo alguns desses documentos sobremaneira honrosos. 

Regressando a Lisboa, com o navio que comandava, foi mandado fazer escala pela Guiné, onde o gentio estava praticando várias devastações com as suas correrias, e em Zeguichor a Bavim, desembarcou a guarnição da canhoneira para castigar aqueles selvagens que, não esperando tão pronto castigo, infestavam aqueles sertões e cometiam toda a espécie de rapinas e de atrocidades. Pela energia e bravura com que se houve nessas circunstâncias, foi o sr. Carlos de Magalhães agraciado com o hábito da Torre a Espada. Chegando a Lisboa na época em que a opinião pública andava ocupada com a questão do Zaire, resolveu-se a instâncias de alguns amigos fazer sobre esse assunto uma conferência nas salas da Sociedade de Geografia, e aos aplausos que unanimemente lhe dispensaram todos os que assistiram a essa sessão, se juntaram os louvores da imprensa. Essa conferência foi traduzida pelo autor em francês, e publicada pela Sociedade de Geografia, com o título de Le Zaire et les contracts de L'Association International, conference faite le 21 juin 1884, esgotando-se rapidamente a edição, e no Boletim da Sociedade de Geografia de Lisboa, n.º 3, da 5.ª série, foi impresso em português. Terminada a conferência de Berlim, foram alguns oficiais de marinha consultados sobre o modo de organizar a nossa administração nos territórios de novo adjudicados à província de Angola, e o sr. Carlos de Magalhães foi um dos escolhidos para prestar as informações necessárias e para dar o seu voto sobre aquele importante assunto. A esse respeito publicou um trabalho, a que deu o título: Questões coloniais; a ocupação do Congo e a conferência de Berlim. O sr. Carlos Magalhães tem actualmente o posto de capitão-de-mar-e-guerra.