Nasceu em Lisboa a 8 de setembro de 1819, onde também faleceu a 22 de janeiro de 1887. Era filho do conselheiro João Fontes Pereira de Melo, ministro de Estado honorário, e de D. Jacinta Venância Rosa da Cunha Matos.

Aos treze anos de idade assentou praça na armada e foi estudar na Academia dos Guardas Marinhas. Dois meses depois recebia o seu baptismo de fogo, porque, apesar da sua tenra idade, ia combater nas linhas de Lisboa. D. Miguel concentrava contra a capital todos os seus meios de ataque, e Lisboa não estava ainda suficientemente preparada para a defesa. O enérgico almirante Napier contribuiu para a resistência com todos os recursos da sua marinha. Até mandou os jovens cadetes navais, e Fontes ouviu pela primeira vez zunir as balas no combate de 10 de Outubro, em que Bourmont foi repelido pelos constitucionais. Cumprido esse dever para com a pátria, 

Fontes voltou para a Academia dos Guardas Marinhas e frequentou o 1.º ano em que foi premiado, o 2.º em que também obteve prémio, foi em férias fazer uma viagem de instrução aos Açores a bordo do brigue Faial comandado por Cecília Kol. No 3.º ano, em que não havia prémios, foi aprovado com distinção, mas recebeu no seu curso um prémio verdadeiramente excepcional. Esse prémio fora instituído em 1805 para recompensar o mérito relevantíssimo. Em trinta anos só três alunos o tinham obtido. O primeiro fora o pai de Fontes, do segundo não sabemos o nome, o terceiro foi Pereira de Melo. Tendo acabado assim o seu curso brilhante, desejou estudar mais e matriculou-se voluntariamente na Academia de Fortificação. As reformas do ensino de 1836 transformaram a Academia de Fortificação em Escola do Exército, e Fontes viu-se conduzido assim a estudar o curso de engenharia em que foi distintíssimo, tendo passado para essa arma, onde foi promovido a tenente em 1839. Nesse mesmo ano foi seu pai nomeado governador de Cabo Verde, Fontes acompanhou-o como seu ajudante, e desenvolveu na província a actividade febril que sempre o caracterizou, visitou todas as ilhas de Cabo Verde, o distrito da Guiné, levantou plantas, e incitou seu pai a que desenvolvesse o mais que pudesse as obras públicas da província. Para esse fim e para muitos outros relativos ao desenvolvimento económico de Cabo Verde escreveu um grande número de relatórios. Nas obras públicas que se principiaram a empreender colaborou como engenheiro, sendo uma das obras em que trabalhou o hospital da Misericórdia da Praia. Em 1843 terminava João Fontes o seu governo e voltava seu filho ao reino, mas acompanhado por sua mulher, porque o moço oficial de vinte e um anos apaixonara-se por uma galante senhora cabo-verdiana, D. Maria Josefa de Sousa, filha do negociante Sousa Machado, e desposara-la. Pouco tempo depois de chegarem a Lisboa, quando Fontes estava casado havia pouco mais de um ano, enviuvou, e, pouco depois de perder sua mulher, perdeu também uma filhinha, que era o único fruto desse matrimónio. Fontes teve com esses golpes um desgosto tão profundo que abandonou o estudo da astronomia a que se fora entregar por simples gosto, e esteve quase um ano sem sair de casa. O que o arrancou do abatimento em que caíra foi a guerra.

As lutas civis que dilaceravam Portugal, mesmo depois de triunfar a liberdade, tinham chegado ao seu período crítico. Rebentara a formidável insurreição de 1846, e o duque de Saldanha era encarregado de ir ao encontro das tropas revolucionárias. Figurava no seu estado-maior o jovem tenente de engenheiros, que o duque estimava muito porque era amigo particular e político do pai. Mas logo percebeu que o rapaz não precisava de recomendação do nome de seu pai para conquistar a sua benevolência. Era um dos seus melhores oficiais, e tanto o duque assim o reconheceu que o encarregou, antes da acção de Torres Vedras, de fazer um reconhecimento a galope do campo de batalha. Estas missões não se confiam senão a oficiais em cuja aptidão profissional se tem plena confiança. Do seu trabalho pode depender a sorte da batalha, e um general em chefe que tem de zelar a sua reputação o de juntar na mão todos os trunfos, não se, vão arriscar por mera complacência ou por empenho, a trabalhar sobre uma planta erra da. Ora Fontes desempenhou se da sua missão com bravura e com extremo acerto. O marechal tanto o reconhecia, que não só lhe pôs ao peito ele próprio a cruz da Torre e Espada, mas tempos depois dizia oficialmente que a vitória de Torres Vedras se devia em parte ao jovem oficial, porque o excelente reconhecimento que fizera servira de muito ao general para a escolha e estudo das posições. Pouco depois entrava seu pai no ministério, ministério que pouco durou, e que foi logo substituído pelo marechal Saldanha; mas entretanto presidira às eleições, e o jovem tenente foi eleito deputado por Cabo Verde, onde tinha não só as simpatias que pessoalmente inspirara, mas a grande influencia política da família de seu sogro. Não foi, contudo, com facilidade que Fontes entrou na câmara. A eleição correra excelentemente e sem a mínima irregularidade. A candidatura de Fontes era simpática ao governo, e contudo, sendo apresentado o seu diploma pelo deputado Sá Vargas no dia 22 de março de 1848, no dia 31 a comissão apresentava o seu parecer rejeitando-o e anulando a eleição. Era relator D. José de Lacerda. Explica se isto por um motivo muito simples. (quem dominava a situação, quem dava leis em grande parte à maioria, era o conde de Tomar. O ministério era um simples ministério de transição. Na comissão de verifica ao de poderes dominava principalmente o puro elemento cabralista. Como o parecer concluía pela rejeição do deputado dava o regimento da câmara a este o direito de se ir defender à barra. Foi, e fez uma estreia brilhantíssima. António José de Ávila, depois duque de Ávila, apoiou a sua causa, e como o deputado eleito mostrara triunfantemente que a comissão apreciara mal os documentos que lho tinham sido apresentados, António José de Ávila propôs que o parecer voltasse à comissão. A câmara acedeu. Era já uma meia vitória. Mas a comissão era teimosa, e poucos dias depois apresentava um parecer exactamente idêntico. Recomeçou a discussão, tornou Fontes a usar da palavra, que lhe dera logo enorme prestigio. Trata-se da votação, e a câmara rejeita o parecer por 48 votos contra 27. Em vista dessa votação, o presidente convidou a comissão a redigir um parecer conforme com a deliberação da assembleia. A comissão respondeu a isso demitindo-se. Travou-se novo combate, e alguns membros da comissão retiraram. as suas demissões. Três persistiram em as manter, e foram substituídos por António José de Ávila, José Lourenço da Luz e Augusto Xavier da Silva. Assim reconstituída, a comissão deu logo parecer favorável, que foi aprovado em seguida.

Fontes Pereira de Melo estava deputado. Logo Fontes mostrou o seu talento e as suas raras faculdades de trabalho. Na câmara e nas comissões defendeu estrenuamente o governo, mas este é que se não pôde sustentar por muito tempo. Pouco depois caía o ministério Saldanha, e voltou ao poder o conde de Tomar. Ia então começar o brilhante período oposicionista de Fontes. Em 1850 apresentou o ministério a lei conhecida pelo nome de lei das rolhas, que restringia a liberdade de imprensa; contra a qual se sublevou, pode dizer-se, o país inteiro. Foi o grande orador Fontes Pereira de, Melo o interprete mais eloquente desses sentimentos, e o brilhante discurso que pronunciou na câmara, acerca desse assunto, afirmou-o definitivamente, não só como um dos primeiros oradores da nossa tribuna política e parlamentar, mas também como um dos homens destinados pela sociedade e elevação dos seus pensamentos a gerirem os negócios públicos. Em 1851 rebentava a insurreição contra o conde de Tomar, iniciada pelo duque de Saldanha e que logo encontrou eco em todo o país. Foi o movimento que depois tomou o nome de regeneração, e que triunfou com uma rapidez verdadeiramente assombrosa. O duque de Saldanha entrou em Lisboa no meio dos aplausos e das aclamações de todos, e tomava o poder das mãos do ministério de transição que se organizara logo em seguida à queda do conde de Tomar. No ministério que o duque formou entravam vários representantes do partido progressista nos seus diferentes matizes, mas nenhum deles verdadeiramente acentuado. Ferreira Pestana, Jervis de Atouguia, Joaquim Filipe de Soure e o marquês de Loulé. Não era esse ainda o ministério que o país desejava Nem satisfazia as aspirações dos radicais, que não viam nele os seus chefes mais exaltados, nem apresentava homens que pudessem satisfazer o grande desejo de reformas que o país desejava. Os homens que o país reclamava, e que iam imprimir à Regeneração o seu verdadeiro carácter, foram os dois que viram substituir no ministério do duque de Saldanha os que pouco se demoraram, que foram o marquês de Loulé, Joaquim Filipe de Soure e Ferreira Pestana.

Esses dois homens eram Rodrigo da Fonseca Magalhães e Fontes Pereira de Melo. Rodrigo da Fonseca trazia o grande princípio da tolerância. Havia tanto tempo que os partidos se debatiam no campo de batalha em lutas sanguinolentas, que estavam todos cansados e exaustos, e ansiosos por um regimes de paz, de sossego, que permitisse aos empregados públicos viverem tranquilamente sem se ocuparem com a política, certos de que não perderiam o pão de suas famílias, tratando simplesmente do cumprimento das suas obrigações. A tolerância era o grande segredo da manutenção do governo. O sistema seguido até ali dividia o país em dois exércitos que se arremessavam constantemente um contra o outro para se desalojarem das alturas do poder. O partido triunfante era o que tinha os oficiais em activo serviço, os empregados públicos de posse dos seus lugares; o partido vencido tinha os oficiais na terceira secção, os funcionários desempregados, uns e outros por conseguinte famintos e ansiosos por se assenhorearem dos postos donde tinham sido expulsos. Nem havia governo duradouro com esse sistema, nem paz pública, nem o país podia ser capazmente servido. Rodrigo da Fonseca pôs termo a isso e deu logo ao país a tranquilidade, ao ministério a segurança. Fontes Pereira de Melo, partilhando completamente essas ideias, tinha ao mesmo tempo o pensamento de fazer reunir a ordem na administração, de fazer entrar o país no caminho dos grandes melhoramentos que lá por fora revolviam e transformavam os outros estados. Personalizava nessa organização ministerial o futuro com todas as suas ridentes promessas. Fontes Pereira de Melo não entrou desde logo para a pasta onde devia deixar o seu nome assinalado. Fez o seu tirocínio na pasta da marinha que fora gerida por seu pai. Esteve nela muito pouco tempo, mas foi o bastante para introduzir no serviço a seu cargo reformas de grande alcance. A mais importante foi a extinção do batalhão naval, que empalhava a manobra e introduzia nos navios um elemento inútil, a maior parte das vezes e por conseguinte prejudicial, e a criação do corpo de marinheiro. No ultramar, além de tomar com rapidez algumas medidas financeiras acertadas, criava o Conselho Ultramarino que tão altos serviços prestou à nossa organização colonial.

Mas entretanto o ministro da fazenda lutava com enormes embaraços. Se a tolerância de Rodrigo da Fonseca livrava de grandes embaraços o ministério, permanecia ainda o embaraço gravíssimo resultante do atraso de pagamentos, que lançara o funcionalismo a um tempo nas mãos dos agiotas e na miséria. Era necessário sair dessa situação, e nem Franzini, nem Silva Ferrão, que lhe sucedera, encontravam o modo de o fazer. Silva Ferrão desistira como desistira o seu antecessor. Foi então que o duque de Saldanha se lembrou de confiar essa pasta importante ao jovem colega. O sucesso foi completo. Fontes Pereira de Melo era duma energia de vontade incontrastável. Deliberou estabelecer daí por diante sem uma só falta o pagamento em dia aos funcionários. O dinheiro escasseava completamente, e o crédito só o alcançava Fontes pelo seu prestígio pessoal, pela confiança que inspirava, pelo magnetismo da sua energia. Entrava pela manhã cedo para o ministério da Fazenda, aí almoçava e jantava com uma frugalidade rara, e não levantava mão do trabalho. Os empregados ao receberem ordem para anunciarem para certos dias os pagamentos a diferentes classes, tremiam de susto, porque bem sabiam que estavam os cofres vazios. Ele ria-se dos seus terrores, e o dinheiro aparecia sempre. Costumados já a esses alívios momentâneos, a essas promessas constantemente desmentidas, a esses pagamentos mensais que não tinham continuação, os funcionários recebiam o que se lhes dava, imaginando sempre que no prazo imediato encontrariam fechada a porta da Pagadoria. Nunca mais isso sucedeu. Fontes surgira como um verdadeiro redentor. Salvando milhares de famílias da miséria, acrescentara ao mesmo tempo os rendimentos do Estado. Pagos em dia, os empregados trabalhavam com mais zelo. Os rendimentos das alfândegas subiram extraordinariamente de um dia para o outro. A primeira condição de regularidade financeira era exactamente a regularidade do pagamento dos empregados, como a primeira condição do enriquecimento do Tesouro Nacional tinha de ser o desenvolvimento da riqueza púbica. Foi isso que Fontes admiravelmente compreendeu. Não era só o ministro enérgico e reformador, que no seu gabinete delineava e executava as medidas salvadoras, era também o orador brilhante e intrépido, que sabia defende-las no parlamento, e que não recuava diante das tempestades que elas tinham forçosamente de levantar entre os interesses feridos. Esse restabelecimento da pontualidade no pagamento dos empregados não se pôde fazer sem se quebrarem bastantes obstáculos. O decreto de 3 de dezembro de 1851 mandava capitalizar, não só os juros das inscrições que estivessem largamente atrasados, mas também os vencimentos dos empregados que estivessem pouco mais ou menos nessas circunstancias. Só assim se podia assegurar o pagamento pontual para o futuro. Em pouco tempo Portugal sofria uma verdadeira transformação devida à iniciativa arrojada do jovem ministro. Em pouco tempo refundia-se completamente a organização financeira do país, remodelava-se a circunscrição do município de Lisboa; aboliu-se o velho termo, substituindo-se pelos concelhos suburbanos de Belém e dos Olivais, reformou-se a alfândega das Sete Casas, fez-se entrar na receita geral do Estado a receita proveniente da venda dos bens nacionais que até então constituía rendimento do Estado, suprimiram-se uma infinidade de impostos anacrónicos que todos se consubstanciaram na contribuição predial, e Fontes projectou até acabar com o contrato do tabaco, levando à câmara o projecto de lei que substituiu ao regime do monopólio o da liberdade dos tabacos e do sabão. Não foi por diante essa lei que 12 anos depois o conde de Valbom apresentava e fazia passar.

Ao mesmo tempo criava Fontes Pereira de Melo o ministério das Obras Publicas que ele mesmo ia gerir, dava à construção das estradas um impulso extraordinário e inaudito, gastando só num ano em estradas 413 contos de réis, soma enormíssima para um tempo em que a receita geral do Estado não subia a mais de 10.000 contos, e introduzia enfim os caminhos de ferro em Portugal contratando com uma companhia a construção das linhas férreas de Norte e Leste, criava o estudo da indústria e da agricultura em Portugal, fundando o Instituto Industrial, Instituto Agrícola e as quintas regionais, criava o Conselho de Obras Públicas. A tudo atenda a sua actividade exuberante e que dificuldades tinha de superar, que preconceitos a vencer, que rotina a destruir! Que oposição encontrou aqui como em toda a parte a ideia fecundíssima dos caminhos-de-ferro! Como ele teve de lutar na câmara, onde os mais moderados diziam que bastava um caminho-de-ferro ao país, ao que ele respondia que muito lhe custava a contentar-se com dois. E as estradas que brotavam por toda parte, modificando completamente as condições económicas do país! que transformação incalculável, que tornou esse período tão brilhante, tão jubiloso e tão florido de esperanças que não foram iludidas, mas cuja realização foi estragada por tantos males imprevistos! Enquanto Fontes assim se ocupava da reorganização do país, discutia-se e aprovava-se nas câmaras constituintes o Acto Adicional à Carta, que introduzia na constituição algumas modificações importantes, das quais a mais importante era sem dúvida a da transformação das eleições indirectas em eleições directas. Tinha-se chegado a 1853, e o ministério, já com dois anos de existência, tendo feito tantas reformas importantes, não podia deixar de se considerar numa situação critica, porque a oposição que emudecera no principio, começava de novo a procurar ensejo de o ferir, com tantas mais probabilidades de êxito quanto o conde de Tomar, que, durante os primeiros tempos como quase desaparecera da cena política, voltava já à câmara dos pares e preparava-se para fazer oposição. O ministério, porém, contava no seu seio tantos oradores que podia entrar em campanha sem receio. Quando Fontes entrara para a marinha, entrara também para a justiça e negócios eclesiásticos o bispo do Algarve Fonseca Moniz, mas este nem chegara a tomar posse, de forma que Rodrigo da Fonseca tomara à sua conta a pasta da justiça conjuntamente com a do reino que já estava gerindo, quando a saída de Silva Ferrão, que se não entendia com a pasta da fazenda, chamou a este ultimo ministério Fontes Pereira de Melo. Conservar juntamente o ministério da marinha era impossível. Aproveitou-se o ensejo para se fazer uma nova recomposição. Entraram no governo António Luís de Seabra e Almeida Garrett. O primeiro tomou a pasta da justiça, Almeida Garrett a dos estrangeiros e Jervis, que ocupava esta ultima, passou para a da marinha. Assim tinha o ministério três oradores de primeira ordem, cada um no seu género: Garrett, Rodrigo da Fonseca e Fontes, um orador excelente debater como dizem os ingleses, Seabra, e dois que sabiam manter-se no seu lugar, embora estivessem longe de ter altos predicados oratórios, Saldanha e Jervis. Infelizmente uma dissidência entre Garrett e os seus colegas, dissidência em que Garrett não tinha a mínima razão, fez com que o grande poeta saísse do ministério; Seabra, que entrara com ele, com ele quis sair, e aqui fica de repente o governo reduzido a quatro ministros e em que ocasião! Quando o conde de Tomar, um verdadeiro atleta, reaparecia na tribuna, quando Garrett se ia juntar às falanges oposicionistas, e sobretudo quando vinha um acontecimento desastroso agravar as dificuldades da situação.

No dia 15 de novembro de 1853 morria inesperadamente D. Maria II; seu filho primogénito, D. Pedro, apenas contava dezasseis anos. Impunha-se por conseguinte uma menoridade debaixo da regência de el-rei D. Fernando. Ora as menoridades são períodos sempre escabrosos, e o governo achou-se realmente em situação difícil. O duque de mais a mais não quisera fazer uma nova recomposição, de forma que o duque tinha a presidência e a guerra, Rodrigo o reino e a justiça, Jervis a marinha e os estrangeiros, Fontes a fazenda e as obras públicas. Este também desenvolveu nessa famosa sessão de 1844 uma actividade assombrosa. O duque de Saldanha adoeceu, Jervis não era para grandes lutas, de forma que os dois ministros parlamentares eram Fontes e Rodrigo, que mal sabiam como haviam de acudir a cada instante às interpelações que se cruzavam. Na câmara dos pares sobretudo foi Fontes admirável. Tinha na sua frente o conde de Tomar e o conde da Taipa, o mais impertinente de todos os guerrilhas, pois não cessou uma vez só de os bater completamente. Os factos auxiliavam muito a eloquência de Fontes. A oposição passava o seu tempo a declarar que o pagamento em dia era puramente fantasmagórico, e que essa fantasmagoria ia acabar, mas passavam os meses, passavam os anos, e a exacta pontualidade nos seus pagamentos continuava a ser a divisa do Estado. Mas Fontes podia não se limitar só a falar nos serviços que a sua administração prestara aos empregados, podia lembrar que tinha gasto 400 contos em obras publicas, mas que construíra 460 quilómetros de estradas, e tinha 120 em construção, fizera 17 pontes, assegurara por meio de subsidio a navegação a vapor no Tejo e no Sado e entre Lisboa e os Açores, que finalmente não só contratara a construção do caminho de ferro internacional, mas também introduzira em Portugal a telegrafia eléctrica, fazendo um contrato com a casa Breguet para o estabelecimento da rede telegráfica. Obras que só depois se executaram, foram também por ele decretadas ou iniciadas neste período tais como o estabelecimento das águas de Lisboa, o caminho-de-ferro entre Lisboa e Sintra, as docas do porto de Lisboa. Em tudo se encontra em Portugal o vestígio da acção e da iniciativa de Fontes.

Tratava-se, porém, de coroar a obra restabelecendo o crédito do país, arrastado no estrangeiro, em consequência de se não terem pago os dividendos dos diferentes empréstimos. Por um artigo do regulamento do Stock Exchange nega-se a cotação nesse estabelecimento aos títulos de qualquer Estado que não pague os dividendos dos anteriores empréstimos. Havia muito que Portugal os não pagava, e portanto os seus fundos não tinham cotação no grande mercado financeiro de Londres. Ora como podia Portugal perseverar no caminho que estava seguindo se tivesse que desistir de recorrer a capitais estrangeiros, se não pudesse levantar empréstimos em Londres? Como havia de fazer os seus caminhos-de-ferro, continuar no caminho dos melhoramentos se pudesse lançar mão única e exclusivamente de capitais portugueses? Era evidentemente impossível. Mas quem conseguiria abrir essas portas implacáveis? Havia um homem só capaz dessa empresa – Fontes Pereira de Melo. Foi ele que disso pessoalmente se encarregou. Em 1855 partiu para Londres. Estava-se em Novembro. Fontes encontrou enormes dificuldades, a ponto que desanimou, e partiu para Paris completamente desalentado; mas inspirava tantas simpatias em toda a parte, era tão bem recebido na alta sociedade política! Napoleão III queria conhece-lo e convidou-o para jantar nas Tulherias; recebia-o com muito singular afecto a rainha Vitória, e daí resultou que a pouco e pouco os, financeiros desfranziram o rosto e tornaram-se mais tratáveis. O Stock Exchange abriu-nos as suas portas e os fundos portugueses tiveram cotação, e tudo se desfez para se levantar um empréstimo importante cuja soma não seria inferior a 13.500 contos, Fontes voltava triunfante a Portugal, mas ia encontrar as dificuldades que deviam resultar naturalmente do melhoramento da nossa situação financeira. Era evidente que uma das primeiras condições do acordo de Londres era o levantamento de novos impostos. Sem isso não se julgariam suficientemente garantidos os que iam abrir-nos as portas do Stock Exchange e garantir por conseguinte aos portadores de títulos dos antigos empréstimos e aos subscritores dos novos empréstimos que os seus juros lhes seriam pagos integralmente. Fontes teve por conseguinte de apelar para novos recursos. Levantou-os melhorando ao mesmo tempo a cobrança e a administração do tributo que aumentava, mas o contribuinte, que acha óptimos os melhoramentos, quando lhe apresentam a conta reage sempre. Não foi difícil à oposição agitar o país, e promover a famosa representação dos cinquenta mil peticionários. O governo manteve-se contudo impávido diante dessa tempestade, porque tinha a consciência de que cumpria o seu dever, e fazia o que era inevitável que se fizesse. Apear dos cinquenta mil peticionários, fez aprovar na câmara dos deputados a lei dos tributos. Na câmara dos pares tinha, porém, que lutar com maiores dificuldades, e para as vencer precisava de uma fornada. D. Pedro V não lha quis conceder.

O governo pediu imediatamente a sua demissão, mas tinha tanto a consciência da sua força, que no próprio dia da sua queda foram os ex-ministros alegremente para o teatro e certos de que ali o rodeariam também essas simpatias. O seu triunfo, porém, ainda foi mais completo. Sucedia-lhes o marquês de Loulé, que organizou gabinete no dia 6 de junho de 1856; mas o novo chefe do gabinete, quando se apresentou à câmara, declarou que o seu programa era o dos seus ilustres predecessores. Não se podia prestar a um gabinete mais completa homenagem. Tal foi o primeiro ministério de Fontes Pereira de Melo, aquele em que se manifestaram de um modo mais glorioso as suas raras qualidades de estadista Nunca passou pelos conselhos da coroa que não deixasse brilhantemente assinalada a sua passagem, mas neste gabinete de 1851 o seu papel foi realmente o de um destes gloriosos reformadores, cuja poderosa iniciativa transforma completamente as condições económicas duma sociedade e de um povo. No seguinte ministério de 1869 ia Fontes revelar-se o homem político. A morte de Rodrigo da Fonseca ia fazer do jovem ministro o verdadeiro chefe do partido regenerador. Na campanha da oposição, que durou dois anos e meio representou Fontes na câmara a ilha Terceira, e a sua palavra tornou-se notável tanto nas questões financeiras em que foi o primeiro, como na questão de Charles et Georges, em que pôde brilhar mesmo ao lado de José Estêvão. Esta última discussão foi o primeiro golpe no governo histórico, que pediu a demissão, sendo chamado a organizar gabinete a 16 de março de 1859 o duque da Terceira.

Fontes entrou então na pasta do reino, e justamente porque era ele que representava essencialmente a política do novo gabinete. Entrava para a pasta da fazenda Casal Ribeiro, para a das obras públicas António de Serpa, e para a justiça Martens Ferrão. Eram os três homens novos que iam começar a sua brilhantíssima carreira. Na pasta do reino ia fontes deixar profundamente assinalada a sua passagem. Basta citar-se a nova lei eleitoral, a mais liberal e mais razoável que até então tinha havido; a transferência do Conselho Superior de Instrução Publica de Coimbra para Lisboa, a reforma do ministério, a passagem da Escola Politécnica para a jurisdição do ministério do reino, a abolição dos passaportes, a lei que concedeu pensões aos que se tinham distinguido na verdadeira campanha contra febre amarela, a que mandou proceder à reconstrução do convento dos Jerónimos. Sentiu-se sempre em todos os ministérios em que Fontes entrou, a sua larga iniciativa, o seu espírito resoluto. Pois bem pouco tempo esteve no ministério do reino. Bastaram, contudo os dezasseis meses que o geriu, desde 16 de março de 1859 até 4 de julho de 1860, para que fizesse mais do que muitos outros haviam feito em largos anos. A política liberal deve-lhe a lei eleitoral de 1859, a instrução publica a organização mais justa do ensino superior, a beneficência a fundação do Hospital Estefânia, e a policia a abolição dos passaportes que a sobrecarregavam de trabalho inútil, e lhe tirava o tempo mais preciso para seriamente velar pela segurança publica. Mas o duque da Terceira morrera, e deixara por conseguinte o gabinete sem presidência. As reconstruções, quando são tão radicais, enfraquecem sempre um ministério, e o gabinete resolveu pedir a demissão. Sucedeu-lhe de novo o ministério histórico, que atravessou um período calamitoso, em que teve de se reconstruir a cada instante, mas que deu a Fontes Pereira de Melo mais uma ocasião de mostrar a elevação do seu espírito e do seu carácter. Um ano depois de subir ao poder, sucedia ao marquês de Loulé o infortúnio de assistir à série de desgraças que enlutaram a família real. Morria o infante D. Fernando, logo depois el-rei D. Pedro V, pouco depois o infante D. João, e o infante D. Augusto chegou a estar, por assim dizer, moribundo. O povo, suspeitando crimes, envenenamentos, tumultuava em torno do paço, e acusava os ministros. Nada mais fácil do que aproveitar essa excitação dos ânimos para jogar ao ministério um golpe mortal. Não o fez Fontes, apesar de estar dirigindo a, oposição. Pelo contrário, deu força ao ministério que no princípio do ano de 1862 fez uma larga reconstrução, em que entraram como elementos novos Lobo de Ávila, depois conde de Valbom, e Mendes Leal. 

Deu certa força ao ministério a questão das irmãs de caridade francesas. Nessa questão, foi incontestavelmente Fontes Pereira de Melo arrastado pelos magnates do seu partido. Na discussão Fontes colocou a questão num terreno sólido e justo, mostrando que o ministério que queria expulsar as irmãs de caridade era o mesmo que as admitira e chamara. Seguiram, porém, um caminho menos racional, posto que defendessem um princípio sagrado, o da liberdade de consciência, que queriam, contudo, aplicar erradamente alguns outros dos principais membros do partido regenerador. Foi um erro, que além de outros inconvenientes, teve o de pôr ao lado do ministério, e de inscrever por conseguinte no partido progressista‑histórico, o grande orador José Estêvão. Em 1861 começou o desmoronamento do ministério. A saída de Lobo de Ávila, que assinalara com algumas medidas rasgadas, como a da supressão do monopólio do tabaco, a sua passagem pelo ministério da Fazenda, abalou profundamente o governo. Seguiu-se-lhe a remodelação que levou ao poder por pouco tempo Aires de Gouveia, Matias de Carvalho, etc. Procurou porém o partido histórico, ainda depois de perder a presidência do marquês de Loulé, organizar governo, mas o partido progressista que assim estrebuchava, era uma fracção mínima do partido, agrupado em torno de Lobo de Ávila. Para o derrubarem, contudo, entenderam os dois grandes partidos que deviam fundir-se. Assim se fez, e em 1865 os dois partidos reunidos conseguiram derrubar o ministério presidido pelo conde de Ávila. No ministério fusionista que se lhe seguiu, predominava, contudo, o partido regenerador. Tinha a presidência Joaquim António de Aguiar e entrava no ministério do Reino Martens Ferrão, no da Fazenda Fontes Pereira de Melo. As outras pastas pertenceram a diversos ministros, até que a morte sucessiva dos dois ministros da Guerra, conde de Torres Novas e Pinto da França, fez com que Fontes fosse chamado interinamente ao ministério da Guerra. O gabinete que geriu o país definitivamente durante dois anhos; foi assim composto: presidência Joaquim António de Aguiar, reino Martens Ferrão, fazenda e interino da guerra Fontes, estrangeiros Casal Ribeiro, obras publicas João de Andrade Corvo, justiça Barjona de Freitas, que representava o partido histórico nessa organização ministerial. Havia já muito que Fontes Pereira de Melo, que ia subindo postos no corpo de engenharia, apesar de andar afastado do serviço militar por outras exigências do serviço público, estava chamando a atenção e as simpatias do exército. O discurso que pronunciara na câmara como deputado da oposição, em 1860, sobro a questão militar, fora muito apreciado.

A sua nomeação para o cargo de ministro da Guerra foi portanto saudada com verdadeiro entusiasmo, justificado imediatamente por muitas medidas, que o tornaram o ministro da Guerra mais notável do período constitucional. A 9 de maio de 1866 tomava conta daquela pasta, a 9 de junho ordenava a formação do campo de manobras em Tancos, em Outubro já ali fazia os exercícios necessários uma divisão comandada pelo visconde de Leiria. Com admirável actividade introduziu logo no nosso exército as importantes modificações introduzidas lá fora no armamento. Comprava as espingardas Enfield e Westley Richard, que eram as melhores do seu tempo, o que o ficaram sendo por largo período, comprava cartuchos, introduzia importantes melhoramentos no Arsenal do Exército, ali mandava construir um grande numero de peças de artilharia, multiplicava as instruções para o transporte das tropas e para a organização do serviço sanitário em campanha. Em Setembro desse ano apresentava o seu primeiro e admirável relatório do Ministério da Guerra. Em 1867 criava o Montepio Militar, e promulgava o regulamento geral para o serviço dos corpos do exército. Em Setembro desse ano manobrava de novo no campo de Tancos uma divisão comandada pelo general José Gerardo Ferreira Passos. E entretanto entregava-se também com interesse ao serviço do Ministério da Fazenda. As vastas despesas, que fora preciso fazer para se transformar a situação económica, não podiam evitar que se pedissem sacrifícios ao país. Fontes Pereira de Melo fez promulgar a lei do imposto do consumo, que a oposição combateu energicamente conseguindo agitar facilmente o país, como já o havia feito em 1856 e 1860. Foi isso que ocasionou o movimento chamado da Janeirinha, de que resultou a queda do ministério, sendo substituído por outro, organizado pelo conde de Ávila, e a lei do imposto de consumo foi revogada. Fontes Pereira de Melo combateu fortemente este ministério e depois o do bispo de Viseu, que pouco tempo duraram. Ano e meio depois subiu ao poder o ministério progressista-histórico, presidido pelo marquês de Loulé, e em que entrava Lobo de Ávila, como prova de que se haviam reconciliado as duas fracções do partido histórico, conhecidas pelos nomes de unha branca e unha preta. Contudo, Fontes Pereira de Melo entendeu que a fusão pactuada em 1865 continuava a existir, e assegurou em nome do partido regenerador; a sua adesão completa. Fontes Pereira de Melo que em 7 de Maio de 1866 fora nomeado conselheiro de Estado foi eleito par do reino a 18 de janeiro de 1870. Vindo a revolta de 19 de maio deste ano promovida pelo marechal duque de Saldanha, o ministério Loulé caiu, sendo substituído pelo dos cem dias, organizado e presidido pelo marechal, ministério que um golpe de estado derrubou. Seguiu-se outro, que pouco depois foi substituído pelo do conde de Ávila, que já então havia sido elevado a marquês, ministério com elementos reformistas, que perdeu no principio de 1871 com a saída do bispo de Viseu. A 13 de setembro deste ano subiu novamente ao poder o partido regenerador, soado o primeiro a que presidiu Fontes Pereira de Melo, que se encarregou das pastas da Fazenda e da Guerra, deixando a da Fazenda em 1872, em que foi substituído por António de Serpa Pimentel. Este ministério desempenhou admiravelmente a alta missão de reconstituir o país, que a Janeirinha e os ministérios efémeros que dela saíram, desorganizara completamente. O crédito e a riqueza publica elevaram-se rapidamente, e o país com plena confiança no futuro, tão audaciosamente se lançou no caminho das empresas audaciosas, que do exagero que teve esse movimento resultou a crise bancária de 1876, que podia ter tido serias consequências se não estivesse no poder o ministério presidido por Fontes Pereira de Melo, que a tudo. ocorreu e tudo remediou.

Entretanto na pasta de que mais especialmente se encarregara, a pasta da Guerra, continuava Fontes a mostrar a sua poderosa iniciativa. O exército, que em 1867 dele recebera o seu excelente armamento de infantaria, recebeu em 1873 óptima artilharia, sentindo um verdadeiro entusiasmo quando na revista de 21 de julho de 1871 desfilaram por diante de el-rei as brilhantes peças Krupp, compradas por Fontes Pereira de Melo. Recebia ao mesmo tempo um poderoso impulso a fortificação de Lisboa, obra querida do marquês de Sá da Bandeira. O relatório de 1874, relativo ao ministério da Guerra e assinado por Fontes, é um monumento digno de figurar ao lado do outro de 1867, a que já, nos referimos. Devemos também notar o acerto com que procedeu Fontes Pereira de Melo na difícil situação que criara ao nosso país a revolução republicana de Espanha, cabendo sempre manter-se numa correcta neutralidade, sem favorecer um só dos partidos que se digladiavam no país vizinho, e cujos campeadores tanta vez procuravam, nas suas lutas civis, asilo na nossa fronteira. A 3 de março de 1877, o ministério encontrando uma certa frieza na maioria fatigada, e uma certa dificuldade nos debates parlamentares resultante de um incómodo pertinaz do seu presidente e de uma doença de António de Serpa, pediu a sua demissão, sendo chamado a organizar gabinete o marquês de Ávila. A situação não mudara sensivelmente porque o marquês de Ávila, com os seus amigos apoiava o gabinete Fontes, e só dele se afastara nalguns pontos ligeiros. Mas a entrada, no ministério, de Barros e Cunha, membro do partido progressista, e que se mostrou radicalmente adverso à gerência regeneradora, fez com que na sessão legislativa de 1878 a maioria que continuava a ser regeneradora, infligisse um cheque ao governo. O soberano conformou-se com o voto da câmara, e a 25 de janeiro de 1878 Fontes Pereira de Melo foi de novo chamado a organizar governo. Conservando a presidência e a pasta da Guerra, chamou Fontes ao ministério do Reino António Rodrigues Sampaio, ao da Justiça Couto Monteiro, ao da Fazenda António de Serpa Pimentel, ao da Marinha Tomás Ribeiro, ao dos Estrangeiros Andrade Corvo, e ao das Obras Publicas Lourenço de Carvalho. No verão de 1877, Fontes Pereira de Melo fizera pela Europa uma viagem de recreio, e em toda a parte fora acolhido com as mais levantadas honras que se podiam conceder a um ministro, e a um ministro de um país pequeno como Portugal. Estando ele a assistir à sessão da câmara dos deputados em Madrid, recebeu dessa câmara uma manifestação extraordinariamente honrosa. Em França e na Alemanha teve dos chefes desses estados as mais solenes provas de consideração e de estima. Como os jornais espanhóis dissessem que ele andava viajando enquanto não voltava ao poder, que lhe viria em breve parar ás mãos, mientras vuelve, o ministério que formou recebeu da oposição em Portugal a alcunha do ministério do mientras vuelve. Era efectivamente uma restauração, com todos os inconvenientes que sempre seguem as restaurações, e Fontes Pereira de Melo bem o sentira, tanto que foi com dificuldade que os seus amigos o arrastaram para esse caminho. Os progressistas, que em 1876 se tinham fundido num partido, juntando-se os históricos e os reformistas pelo pacto celebrado na Granja, e que esperavam assim subir ao poder, logo depois da queda do marquês de Ávila, irritaram-se com a solução que a coroa dera à crise ministerial, e abriram a célebre campanha da agressão directa ao monarca, iniciada pelo Diário Popular com o famoso artigo das crianças loiras, e pelo Progresso com um artigo não menos violento.

As eleições de 1878, se bem que tivessem dado ao ministério uma forte maioria, tinham levado também ao parlamento bastantes deputados da oposição, a campanha parlamentar estava sendo rude e fatigante. Fontes foi o primeiro a entender que não devia teimarem se conservar no governo, onde se sentia fraco, e em maio de 1879 pediu a demissão do gabinete, que lhe foi concedida, sendo chamado Anselmo Braamcamp a organizar gabinete. Geriu Anselmo Braamcamp, com a presidência, o ministério dos Negócios Estrangeiros, teve a pasta do Reino o sr. José Luciano de Castro, a da Fazenda Barros Gomes, a da Guerra João Crisóstomo de Abreu e Sousa, a da Marinha marquês de Sabugosa, a das Obras Publicas Augusto Saraiva de Carvalho. Pouco tempo durou este ministério, posto que Fontes Pereira de Melo na Câmara dos Pares não fizesse senão uma oposição moderada. Assim atravessou este ministério sem grandes embaraços o ano de 1880, até que no principio de 1881 os embaraços se acumularam, e a questão de Lourenço Marques provocou agitação e um debate parlamentar, que deu origem a uma moção de desconfiança na câmara dos pares. O ministério caiu, e a 25 de março de 1881 organizou-se um gabinete, em que Fontes Pereira de Melo não quis entrar, posto que o constituísse o Partido Regenerador. Achava que estivera pouco tempo fora do poder. O gabinete, posto que efectivamente organizado por Fontes, teve como presidente o ministro do Reino António Rodrigues Sampaio. Pouco tempo depois morria o duque de Ávila e de Bolama, presidente da Câmara dos Pares, e essa presidência, como era natural, foi dada a Fontes Pereira de Melo. Digamos de passagem que Fontes, que tinha as mais altas distinções honoríficas, tivera duas honrarias bem raramente concedidas em Portugal a quem não fosse príncipe de sangue, a ordem da Anunciada da Itália e a do Tosão de Ouro da Espanha. Como era natural, pouco tempo se conservou fora do gabinete.

No dia 11 de novembro do mesmo ano de 1881 era Fontes encarregado de organizar novo governo. Tomava a presidência, a pasta da Guerra interinamente, e a da Fazenda em substituição de Sanches de Castro e Lobo Vaz que saíam; para a pasta do Reino chamava Tomás Ribeiro, para a da Justiça passava Júlio de Vilhena que deixava a pasta da marinha Melo e Gouveia, para a dos Negócios Estrangeiros que fora exercida nos últimos meses interinamente por Hintze Ribeiro, entrava António de Serpa Pimentel, e ficava Hintze Ribeiro com a pasta das Obras Publicas. Na gerência da Fazenda mostrava mais uma vez Fontes Pereira de Melo o seu carácter pratico e resoluto, abandonando vãs teorias de imposto, e recorrendo simplesmente ao imposto que mais rápidos e valiosos recursos podia produzir, o adicional de 6%, que efectivamente acrescentou logo 1.000 coutos às receitas do Estado. Em 1883 houve nova modificação ministerial. Tomás Ribeiro foi substituído por Barjona de Freitas, Júlio de Vilhena por Lopo Vaz de Sampaio e Melo, Barbosa du Bocage, que já, substituíra no principio de 1883 Melo Gouveia na Marinha, ia agora substituir António de Serpa Pimentel no ministério dos Negócios Estrangeiros, e Pinheiro Chagas tomava conta da pasta da Marinha, Hintze Ribeiro substituiu na pasta da Fazenda Fontes Pereira de Melo, que ficava só com a presidência e a Guerra, e António Augusto de Aguiar entrava para o ministério das Obras Públicas. Este novo ministério tinha uma missão principal: modificar a constituição do Estado por um novo Acto Adicional à Carta, que efectivamente se promulgou em 1885, que transformou a câmara dos pares de hereditária em vitalícia. No ano de 1881 mostrava Fontes, como ministro da Guerra, mais uma vez a sua rasgada iniciativa. A reforma da organização do exército data desse tempo. Por ela se criaram seis novos regimentos de infantaria, dois de cavalaria, um de artilharia, se transformaram os batalhões de caçadores em regimentos, se deram dois majores a cada regimento, comandando cada um deles um batalhão, se lançaram as bases da organização da 1.ª e da 2.ª reserva. Antes de sair do ministério, deu também Fontes Pereira de Melo um largo impulso à organização dos torpedos, comprando novos torpedeiros, que só depois da sua saída do governo chegaram a Portugal. Em fevereiro de 1885 saíram do governo António Augusto de Aguiar e Lopo Vaz de Sampaio e Melo. Não foram, porém, substituídos; tomou Fontes conta da pasta das Obras Publicas, e Barjona de Freitas juntou à pasta do Reino a da Justiça. Ainda a Fontes Pereira de Melo, como ministro das Obras Públicas, coube a glória de fazer votar a lei das obras do porto de Lisboa, cuja iniciativa coubera a António Augusto de Aguiar. Em novembro de 1885 preenchiam-se as duas vagas que havia no ministério, entrando Tomás Ribeiro para a pasta das Obras Públicas e Manuel de Assunção para a da Justiça; mas a situação regeneradora contava já cinco anos de governo, e aproximava-se por conseguinte o seu termo.

Tendo Fontes pedido a demissão do gabinete a que presidia, foi o sr. conselheiro José Luciano de Castro encarregado de organizar o ministério. Recolhendo-se então à vida particular, fez de novo uma viagem ao estrangeiro. No principio do ano de 1887 preparava-se para encetar uma campanha de oposição contra e gabinete, e estava dirigindo activamente os trabalhos eleitorais, quando faleceu, duma rápida doença. A sua morte causou a maior sensação, tanto a amigos como a adversários, e a sua falta foi geralmente sentida, porque se perdera um dos maiores estadistas de Portugal. O seu funeral foi uma homenagem, verdadeiramente imponentíssima e solene.

Fontes Pereira de Melo faleceu no posto de general de divisão; foi governador da Companhia do Crédito Predial Português e presidente do Supremo Tribunal Administrativo; foi também presidente da comissão central do Primeiro de Dezembro de 1640, que promoveu a inauguração do monumento aos Restauradores, a qual se realizou em 28 de abril de 1886, com toda a solenidade, assistindo o rei D. Luís e o príncipe D. Carlos, mais tarde D. Carlos I. Fontes Pereira de Melo era condecorado com as seguintes ordens: Tosão de Ouro e da Anunciada, já citadas; grã-cruz da Torre e Espada e de S. Bento de Avis; Legião de Honra de França, de Leopoldo da Bélgica, S. Maurício e S. Lázaro de Itália, Cruzeiro do Brasil, Mérito Militar e Isabel a Católica de Espanha, Leão da Holanda, da Coroa de Sião, do Sol Nascente do Japão, Leão da Pérsia; outras diversas comendas e o colar de Carlos lll, de Espanha.

Dos inúmeros discursos pronunciados por ele nas câmaras legislativas, quer na qualidade de deputado, quer na de ministro da Coroa, parece que foram publicados em separado somente os seguintes: Discursos do sr. ministro da Fazenda Fontes Pereira de Melo, pronunciados nas sessões de 6, 7 e 9 de dezembro de 1865 a respeito da novação do contrato do caminho de ferro do sul e sueste, Lisboa, 1865; Discurso acerca dos impostos de consumo, pronunciado na câmara electiva na sessão de 13 de março de 1867, Lisboa, 1861. Foi durante alguns anos colaborador na Revista Militar, e por vezes teve parte na redacção da Revolução de Setembro e de outros jornais políticos.