Em 1624 foi nomeado governador de Tanger, e exerceu esse governo até 1628, sendo nomeado a 17 de Fevereiro de 1629 vice-rei da índia, para onde partiu a 3 de Abril, chegando a Goa a 21 de Outubro do mesmo anuo. Tomando posse no dia imediato, tratou logo de enviar socorros ao seu antecessor interino, Nuno Alvares Botelho, que estava guerreando em Malaca, e morreu num combate em que os portugueses ficaram vencedores. O conde de Linhares acrescentou ás nossas conquistas a cidade de Kambolim, mas perdeu a fortaleza de Mombaça, de que os cafres se apoderaram. O vice-rei mandou da índia Francisco de Moura para retomar Mombaça, mas a indisciplina lavrava de tal forma no Oriente que nada conseguiram os seus esforços, e Francisco de Moura levantou o cerco, e regressou a Goa. O conde de Linhares procurou restabelecer o prestígio das armas, e efectivamente alguma coisa pôde obter. Foi severo com os actos de indisciplina e de pirataria, mostrando-se pouco afeiçoado a padres, frades e jesuítas, que pretenderam difama-lo, chegando a chamar-lhe judeu, ladrão, e outros insultos. Um dia apareceu um pasquim injurioso, acompanhando um boneco enforcado; era escrito em forma de sentença, e em que se lhe faziam as mais violentas acusações. O pasquim era tão calunioso que o povo indignado juntou-se ás autoridades para descobrir o autor, o que nunca conseguiu. Como protesto destas calúnias quiseram levantar-lhe uma estátua, mas o austero vice-rei não consentiu. Tinha a consciência de que todos lhe reconheciam os serviços que prestara, porque na verdade o seu governo foi no período da nossa decadência colonial um dos mais felizes e dos mais acertados. No seu tempo fundou se o hospital da Piedade, e construiu-se a ponte de Pangim a Ribandar. Em 8 de Dezembro de 1635 entregou o governo ao seu sucessor Pedro da Silva, e veio para a Europa. Foi muito bem recebido em Madrid, excitando grandes invejas, e apenas chegou, ofereceu ao rei um cintilho, e à rainha umas arrecadas, avaliadas em mais de 100:000 cruzados. Teve a nomeação de membro do conselho de Portugal em Madrid, manifestando-se logo adverso ao secretario do mesmo conselho, Diogo Soares, dividindo-se os portugueses que residiam em Madrid, em dois partidos. Os portugueses que, apesar de aceitarem o domínio espanhol considerando-o útil, defendiam em todas as ocasiões os interesses de Portugal, tomaram por chefe o conde de Linhares; os outros, os que pareciam ter criado ódio a Portugal, tinham por chefe Diogo Soares. Rebentando em 1637 as alterações de Évora, rebentou também no conselho de Portugal em Madrid essa discórdia por muito tempo latente. Os partidários de Diogo Soares aconselhavam  a repressão violenta, alegando que  era preciso que os portugueses soubessem que Filipe era rei e senhor, os seguidores do conde de Linhares sustentavam que as causas dessas alterações, tinham sido as violências dos dois ministros Diogo Soares e Miguel de Vasconcelos, e que valia mais sacrificar esses dois ministros do que arrancar o sangue do povo O conde-duque de  Olivares, o poderoso ministro de Espanha, parecia aceitar em parte as opiniões do conde de Linhares, e como em Évora se organizara uma  espécie de junta para servir de intermediário entre o povo revoltado e o governo, Olivares, como que  aceitou a mediação, e fez propostas pacificas, que o conde de Linhares e os seus partidários aplaudiram; no entretanto, Olivares concentrava tropas. Diogo Soares aconselhou que fosse nomeado o conde de Linhares para vir a Évora como pacificador. Diogo Soares tinha a vantagem, de o meter numa negociação de que dificilmente se poderia sair bem, de o afastar de Madrid, e de merecer ao mesmo tempo louvores pelo zelo com que se interessava por um inimigo. O conde de Linhares, percebendo a estratégia, quis esquivar-se, mas, como fora nomeado ao mesmo tempo pacificador e governador de Pernambuco, então quase todo no poder dos holandeses, optou pelo mal menor, e aceitou a missão de Évora. Sucedeu tudo que ele receava, e que o seu inimigo esperava. Em Évora foi recebido com desconfiança; quando os eborenses viram que era portador de propostas pacificas mas ao mesmo tempo intoleráveis pelas exigências que formulavam, irritaram-se, apuparam-no, cercaram-lhe de noite a casa, e o conde de Linhares viu-se obrigado a fugir para Lisboa, donde mandou ao conde-duque de Olivares o escritor D. Francisco Manuel de Melo, que sempre o acompanhava, a dar conta verbal do  que presenciara. Diogo Soares ficou radiante, porque a derrota do adversário mais aumentava o seu prestígio na corte. Na verdade, o conde de Linhares ao regressar a Madrid, viu que perdera em parte o valimento, porque o mandaram recolher a Tordesilhas. Tratando -se da sua ida para Pernambuco, fora nomeado capitão-general da armada do mar Oceano, o que junto aos seus cargos de conselheiro de Estado e de gentil-homem da câmara, lhe dava urna alta situação, mas neste meio tempo deu se a revolução de 1 de Dezembro de 1640, e a queda repentina do domínio espanhol mostrou a inanidade da politica de Diogo Soares e de Miguel de Vasconcelos, e que se as negociações do conde de Linhares haviam sido  felizes, fora exactamente por se não ter seguido à risca a sua opinião, fazendo-se as concessões que  ele julgava precisas. Como ao mesmo tempo entendeu que era do seu dever continuar a servir o rei castelhano, obteve todos os benefícios que Filipe IV prodigalizou a todos os portugueses que se lhe conservaram fiéis. Foi nomeado general das galés da Sicília e das de Espanha, agraciado com o título marquês de Gijon, duque de Linhares, e grande de Espanha de 1.ª classe. Dizem que o conde de Linhares foi um famigerado matador de leões Quando esteve governador em Tanger, como não havia guerras importantes, dava caça aos leões, e matou grande numero deles, tornando se a providencia dos pastores das cercanias de Tanger. Mais tarde este título ficou completamente extinto. D. João VI, em 1808, é que renovou na pessoa de D. Rodrigo de Sousa Coutinho, do seu conselho, e diplomata, o qual ficou sendo o 1.º conde de Linhares. O conde D. Miguel de Noronha casou a 19 de Abril de 1674 com D. Lucrécia da Silva Vilanova Ferrer, dama da rainha de Espanha, D. Maria Ana de Áustria, mulher de Filipe IV, filha de D. Gaspar Ladron de Vilanova Ferrer, 3.º conde de Chelvas, senhor das baronias de Sot e Quartel no reino de Valência, e de sua mulher, D. Maria da Silva, filha de D. Diogo Pedro, 1.º marquês de Orani, e da condessa D. Lucrécia Corelha.