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Um dos companheiros de Vasco da Gama na viagem que deu em resultado o descobrimento do caminho marítimo para as Índias, sendo escrivão da nau S. Rafael, que ia comandada, por Paulo da Gama. 

Em Calecut foi um dos 12 homens que acompanharam Vasco da Gama na sua primeira visita ao Samorim. Foi ele que, quando os portugueses entraram num templo, e supondo-se numa igreja cristã, ajoelharam e rezaram, fez a seguinte observação chistosa: «Note-se que se estes ídolos são diabos, a minha reza é dirigida ao verdadeiro Deus», observação que fez rir com vontade Vasco da Gama. Foi João de Sá um dos felizes que voltaram a Portugal, e foi a ele que Vasco da Gama confiou nos Açores o comando do seu navio, quando, metendo-se num navio que fretara, partiu para Lisboa. João de Sá foi depois nomeado tesoureiro da Casa da Índia.