Nasceu na Baía a 16 de julho de 1756, faleceu no Rio de Janeiro a 20 de agosto de 1835. Era filho do arquitecto português Henrique da Silva Lisboa e de Helena Nunes de Jesus. 

Estudou preparatórios na sua pátria, os quais concluiu em Lisboa; foi frequentar na Universidade de Coimbra os cursos jurídico e filosófico em 1774, formando-se na citada faculdade no ano de 1778, sendo nesse ano nomeado substituto das cadeiras de grego e de hebraico, do Colégio das Artes de Coimbra. Ainda em 1778 foi nomeado professor de filosofia nacional e moral, para a cidade da Baía, cuja cadeira regeu 19 anos, e a da língua grega por 5. Em 1797 voltou a Portugal, e nesse ano obteve a sua jubilação e a nomeação para o Iugar de deputado e secretário da Mesa da Inspecção da Baía, para onde novamente partiu, tomando posse do seu cargo em 1798, conservando-se naquele exercício até 1808. Quando o príncipe regente, na sua retirada de Lisboa em 1807, chegou à Baía, ordenou a Silva Lisboa que o acompanhasse para o Rio de Janeiro, e viesse auxiliá-lo a levantar o império brasileiro. Distinguido desta forma pelo príncipe, chegou ao Rio de Janeiro a 7 de março de 1808, e logo em abril seguinte foi nomeado, desembargador da Mesa do Desembargo do Paço e da Consciência e Ordens. Em agosto do mesmo ano, deputado da Real Junta do Comércio, Agricultura, Fábricas e Navegação do Estado do Brasil; em 1809 foi incumbido de organizar um código de comércio; em 1810 recebeu a mercê do hábito de Cristo; em 1815 foi encarregado especialmente do exame das obras para a impressão; em 1821, foi incluído na lista dos membros da junta de cortes para o exame das leis constitucionais discutidas então em Lisboa, e seguidamente inspector-geral dos estabelecimentos literários e director dos estudos. Silva Lisboa tentou primeiro reconciliar Portugal e o Brasil, e impedir a separação, e para isso fundou um jornal, O Reconciliador do Reino Unido, mas quando toda a esperança de conciliação desapareceu, quando o príncipe D. Pedro se pôs à frente do movimento revolucionário, José da Silva Lisboa não hesitou um momento, e principiou a combater com energia pela independência do seu país natal, escrevendo, entre outras obras, uma intitulada As Reclamações, que produziu grande efeito. Depois da independência declarada, continuou a exercer cargos elevados, recebendo diversas distinções honoríficas, e a mercê do título de visconde de Cairu. 

Em 1801 publicou em Lisboa a sua primeira obra, Curso de direito mercantil, mas em 1804 é que publicou a sua obra capital, Princípios de economia política, que foi o primeiro livro que sobre semelhante assunto se escrevia em português, e que era inspirado nos princípios da nova ciência, fundada por Adam Smith. De 1801 a 1808 também publicou a sua obra importante, em sete volumes, Princípios de Direito mercantil e leis de marinha, etc. No Rio de Janeiro publicou em 1808, as Observações sobre o comércio franco no Brasil, 3 partes em 2 volumes. São muitos os seus trabalhos escritos e publicados em Lisboa, Rio de Janeiro e Baía, tanto antes como depois de se declarar a independência do Brasil.