Filho do rei D. Manuel e da segunda mulher deste, D. Maria, foi o quarto na ordem varonil dos filhos daquele rei. 

A sua educação foi orientada para a vida eclesiástica, recebendo sólida cultura, que lhe foi ministrada por sábios como Pedro Nunes, Nicolau Clenardo e Aires Barbosa. Um cronista do tempo define-o como de sua condição encolhido, e vergonhoso (...) pouco mimoso e severo, continente e temperado nas palavras». 

A sua carreira eclesiástica iniciou-se aos 14 anos, ao ser investido como prior comendatário de Santa Cruz de Coimbra. Seis anos depois recebeu a administração do arcebispado de Braga. Em 1540 é feito arcebispo de Évora. Nesta cidade cria uma pequena corte de letrados, músicos, cantores a charameleiros, que faziam parte da sua casa episcopal. A protecção que dispensou à cultura até 1562 permite considerá-lo como um príncipe de ideal renascentista. Entretanto fora nomeado, em 1539, inquisidor‑geral do reino, em 1545 cardeal e sete anos mais tarde legado apostólico em Portugal.

Nos primeiros anos após a maioridade de D. Sebastião, D. Henrique é o seu principal orientador. Mas desentendem-se, e partir de 1572, e o cardeal voltará a Évora onde, em Janeiro de 1578, recusa o seu consentimento à expedição a Marrocos. Subindo ao trono após o desastre de Alcácer-Quibir, começa por tentar resolver o problema da sucessão ao trono em termos nacionais, convocando cortes para Almeirim a projectando o seu casamento com a rainha-mãe de França. Mas a influência espanhola cada vez maior em Portugal, as rivalidades entre os vários pretendentes ao trono, a ruína financeira do País a outros factores fizeram da última fase do reinado de D. Henrique um período de indecisão; eximindo-se a nomear um herdeiro da coroa, preferiu deixar o problema em suspenso, escolhendo cinco governadores para o substituírem após a sua morte.